El Hospital Universitario Virgen del Rocío ha secuenciado más de 1.200 genomas del virus SARS-CoV-2 en el primer trimestre del año. La aparición de variantes que aumenten la transmisibilidad del coronavirus, su virulencia, o que escapen a la acción de los anticuerpos generados tras la infección natural o la vacuna son posibilidades que podrían constituir un problema de Salud Pública de primer orden al repercutir de forma importante en el control de la pandemia.
Dada la importancia, la Consejería de Salud y Familias, a través de la Dirección General de Salud Pública y Ordenación Farmacéutica, ha integrado la secuenciación genómica en la Vigilancia del SARS-CoV- 2 para el control epidemiológico de la pandemia. El Hospital Universitario Virgen del Rocío es uno de los dos centros designados como referencia para la secuenciación SARS-CoV-2 para cubrir la zona occidental de Andalucía. El Hospital San Cecilio de Granada trabajará en la misma línea para la zona oriental.
Para este fin, el hospital sevillano ha integrado la secuenciación del SARS-CoV-2 en su cartera de servicios y ha creado un equipo multidisciplinar que incluye a profesionales del servicio de Microbiología; la unidad de Genética y Reproducción; el servicio de Genómica y Secuenciación del Instituto de Biomedicina de Sevilla IBiS; y el área de Bioinformática Clínica de la Fundación Progreso y Salud.
El potencial de este grupo ha permitido secuenciar durante este año más de 1.200 genomas del virus a partir de muestras de vigilancia, posibles reinfecciones o fallos vacunales y casos graves. Así, han detectado variantes muy importantes, algunas no descritas hasta este momento en España, y ha permitido poner a disposición de las autoridades sanitarias la amplia experiencia de profesionales de distintas unidades del hospital.
Además, cabe destacar que han empleado por primera vez en España tecnología robótica para la preparación de librerías de secuenciación y herramientas bioinformáticas innovadoras como son los imputadores. Igualmente, han integrado y han puesto a disposición los resultados en plataformas internacionales como Nexstrain que permiten la consulta desde cualquier parte del mundo (http://nextstrain.clinbioinfosspa.es/SARS-COV-2-all).
Todo este trabajo ha llevado a una vigilancia a tiempo real del virus, facilitando a las autoridades sanitarias la toma de decisiones en el manejo de la pandemia y la planificación de los sucesivos escenarios que se van planteando en el contexto de la pandemia.